根据塞浦路斯《海关法》，海关事务由财政部下属的海关关税司负责管理。其职责为：保护社会环境、防止毒品及其他严禁入境的物资流入国境；负责收取关税和消费税；促进合法贸易以及收集分析贸易统计数据等。自加入欧盟后，塞浦路斯执行的税收及标准与欧盟一致。塞浦路斯与欧盟成员国之间的进出口产品享受零关税。

【对出口货物的海关管理】塞浦路斯海关根据《海关法》和《关税及国内消费税法》及政府各有关部门颁布的进出口政令或进出口许可商品目录，对进出口货物进行监管。对于目录内产品的进出口需有相关部门发放的进出口许可（证），海关方予以放行。

【对工业免税区、保税工厂、保税仓库货物的监管】根据《工业免税区法》及《工业免税区关税条例》，塞浦路斯对进出工业区的货物进行严格管理。货物运进或运出工业区须持有关税局局长批准并经地方海关官员确认的报关单；运进工业区的货物须出示入境证，并按清关时的税率缴纳关税和国内消费税。工业区内企业生产所需进口机器设备、原材料免缴关税。工业区加工产品进入塞浦路斯本地市场按其应税价值，以最惠国关税的最低税率（即欧盟成员国关税）缴纳进口关税。

保税工厂产品只供出口。其生产所需进口机器设备及中间产品、包装材料等可有条件地减免关税。

保税仓库有政府建立的，也有私人建立的。私人保税仓库需交1.71万欧元的初建费和3.42万欧元的年许可费。存放在保税仓库的货物无需缴纳关税及消费税。进入市场按清关进口税率缴纳关税及消费税；如用于出口、复出口，则免缴上述税种。

【对出入境旅客的海关管理】非欧盟国家公民进入塞浦路斯，如携带的个人物品不超过以下限制，可免附加税和国内货物税。烟草制品：200支卷烟，或100支小雪茄，或50支雪茄，或250克烟草；酒精饮品：超过22度的烈性酒1升，或葡萄酒2升，啤酒16升；现金1万欧元以内。出境禁止携带文物及金币。